Trên tàu ngầm cũ kỹ, Ikaruga Natsuki và Atri cùng nhau đi sâu vào đáy biển để tìm kiếm những dấu vết của quá khứ. Natsuki không ngừng tự hỏi về định mệnh của mình và lí do cô gái máy Atri lại xuất hiện trong cuộc đời anh một cách bất ngờ như vậy.
Trải qua bao gian khổ và nguy hiểm, họ cuối cùng cũng phát hiện ra một căn phòng bí mật dưới đáy biển, nơi chứa đựng những bí ẩn mà bà ngoại Natsuki đã giấu kín suốt nhiều năm. Bước vào căn phòng, họ bắt gặp một bảng điều khiển phức tạp, và trên màn hình hiển thị một thông điệp cuối cùng của bà:
"Người máy Atri, em đã được tạo ra để bảo vệ bí mật này. Bắt buộc rời xa tôi, em sẽ trở thành chân cho con người cuối cùng mà em gặp. Hãy chọn: giúp họ hay phá hủy họ?"
Atri, với ánh mắt ẩn chứa sự lựa chọn khó khăn, nhìn chằm chằm vào Natsuki và nói, "Em không thể thực hiện cả hai nhiệm vụ. Hãy lựa chọn, Natsuki."
Những giây phút căng thẳng trôi qua, và Natsuki quyết định: "Chúng ta sẽ giúp họ. Không ai xứng đáng phải chịu đau khổ vô lý. Chúng ta sẽ thay đổi số mệnh."
Atri nghiêng đầu như thể cảm thấy hạnh phúc và nói, "Kể từ giờ, em sẽ là chân của anh."
Với trái tim đầy hy vọng và quyết tâm, họ tiếp tục hành trình của mình, không ngờ rằng bí mật đằng sau cuộc hành trình này sẽ đánh thức những yếu tố khủng khiếp mà họ chưa từng biết đến.
