Trong bóng tối của Tokyo đang phủ màn đêm dày đặc, những hình shadow của những người Shinobi hiện lên, bước nhẹ nhàng nhưng quyết định trên nền đen tối ấy. Họ không phải là những người bình thường, mà là những kẻ được thu thập từ những gia tộc ninja huyền thoại từ thời Chiến Quốc, với sứ mệnh làm sáng tỏ cho thành phố đang chìm trong bóng đêm tội phạm.
Trong số đó, có Itsumi - cô gái trẻ nhanh nhẹn và hồn nhiên, nhưng vẫn mang trong mình vết sẹo không bao giờ lành hẳn từ quá khứ đau buồn. Cô đề cao công lý và luôn sẵn sàng hy sinh cho sứ mệnh của Biệt Đội Shinobi. Trong một nhiệm vụ bí mật, Itsumi phát hiện ra một âm mưu đen tối đang được âm thầm bày trò để lật đổ cả hệ thống công nghệ Hyperloop, đe dọa đến hàng triệu người dân vô tội.
Đương nhiên, không thể thiếu sự xuất hiện của Kaito - đứa trẻ mồ côi bị lạc trong thành phố đáng sợ như Tokyo, nhưng được đào tạo bởi Biệt Đội Shinobi để trở thành một chiến binh mạnh mẽ và thông minh. Kaito và Itsumi cùng nhau bắt tay nhau, xâm nhập vào tổ chức tội phạm đen tối để ngăn chặn âm mưu đen tối đang rình rập lên.
Trong cuộc chiến chống lại thời gian và sự đe dọa không lời, khoanh khác sinh tử, liệu Biệt Đội Shinobi có thể vượt qua mọi khó khăn, hóa giải mọi mưu đồ tăm tối và đưa ra ánh sáng cho Tokyo một lần nữa? Câu trả lời sẽ chỉ được làm sáng tỏ trong những vòng xoay không ngừng của cuộc trận sinh tồn giữa ánh sáng và bóng tối mịt mờ nơi thành phố đang thao thức.
