Truyện tranh "Đô Thị Chí Tôn Thiên Sư" xoay quanh chàng thiên sư trẻ tuổi tên là Kaito, một người con trai bí ẩn với khả năng điều khiển ngũ hành và ma thuật tối thượng. Kaito từng được đào tạo bởi một thầy thuốc huyền thoại từ thời cổ đại để trở thành một chí tôn trong thế giới ngầm.
Một ngày, Kaito nhận nhiệm vụ gia nhập tổ chức Tam Thiên Bang - một tổ chức tội phạm mạnh mẽ và nguy hiểm. Không chỉ đánh đổ mọi đối thủ, Kaito còn sáng lập một phe phái mới, mang tên Thiên Sư Bang, với mục tiêu lật đổ Tam Thiên Bang và trở thành đế chế bí ẩn nhất trong thế giới ngầm.
Tuy nhiên, Kaito không ngờ rằng, người đứng đầu Tam Thiên Bang lại chính là thầy của mình. Cuộc đối đầu giữa thầy và trò, giữa Tam Thiên Bang và Thiên Sư Bang, không chỉ là một trận chiến trí tuệ và võ lực, mà còn là cuộc hành trình tìm kiếm sự thật về quá khứ đầy bí ẩn của Kaito.
Dần dần, những câu chuyện, bí mật và mưu toan được hé lộ, khiến cho Kaito phải đối diện với những quyết định đầu tiên của mình. Liệu anh sẽ chọn đứng về phía nào trong cuộc chiến giữa hai phe, và cái giá mà Kaito phải trả có đáng giá với tất cả những gì anh đã làm? Hành trình của Kaito chỉ mới bắt đầu, và còn rất nhiều bí ẩn và nguy hiểm đang chờ đón anh phía trước.
