Trong Fatekaleid Liner Prisma Illya Drei!, những bí ẩn đen tối từ quá khứ đang dần hé lộ, khiến mọi thứ trong thế giới phù thủy đảo lộn. Illya và những người bạn quyết định bắt tay hợp tác để giải quyết vấn đề này, nhưng họ không ngờ rằng họ sẽ phải đối mặt với một mối đe dọa vô cùng mạnh mẽ.
Trong khi thăm dò một tháp cổ xưa, Illya bất ngờ phát hiện một cuốn sách bí mật được kín cấp, nơi ghi chép về một loại phép thuật nguy hiểm từ thế kỷ trước. Quyết tâm tìm hiểu sâu hơn, cô không ngờ rằng những lời nguyền trong cuốn sách này đã được kích hoạt, mang theo một thế lực tăm tối rình rập.
Trong khi khám phá sự thật đằng sau những bí ẩn này, Illya phải đối diện với trạng thái loạn trí hồn lực từ những kẻ sử dụng nó, khiến cho lòng trung thành và tình đoàn kết của đồng đội bị thách thức. Những cuộc chiến gay cấn, những hiểm nguy đổ bộ và những điều kinh hoàng từ quá khứ sẽ bắt đầu thách thức sức mạnh và lòng can đảm của Illya cùng nhóm bạn. Liệu họ có thể vượt qua mọi khó khăn và giữ vững niềm tin vào tương lai hay không, khi mà mọi thứ đang trở nên mơ hồ và nguy hiểm hơn bao giờ hết?
