Sau những thử thách khó khăn và cuộc chiến ác liệt với các Dark Heartless, Sora và đồng đội quyết định lên đường xâm nhập vào lâu đài Dark Citadel - tổ chức Iblis, nơi mà tất cả âm mưu và nguy hiểm của họ được chôn vùi. Trước khi bước chân vào cánh cổng bí ẩn, Sora ngước nhìn lên bầu trời đêm, hơi thở của anh trở nên gấp gáp. Donald dặn dò: "Chúng ta phải cẩn thận, Sora. Đây có thể là cuộc chiến cuối cùng của chúng ta."
Khi cánh cổng mở ra, họ bước vào một thế giới đen tối, nơi mà những cánh cửa xuất hiện và biến mất theo những quy luật không rõ ràng. Đồng đội tiến vào, không gian bắt đầu biến dạng xung quanh, nhưng họ vẫn kiên định tiếp tục. Đột nhiên, một cú tấn công bất ngờ từ phía sau khiến Sora gục xuống. Donald và Goofy đều giật mình, nhưng trước khi họ kịp hành động, một hình bóng quen thuộc xuất hiện.
Đó không phải là kẻ thù, mà chính là Kairi - người từng là người yêu của Sora, nhưng đã biến mất từ lâu. Ánh mắt cô lạnh lùng nhưng đong đầy nỗi buồn, Kairi nói: "Sora, cuộc chiến của chúng ta chỉ mới bắt đầu. Và em sẽ là chìa khóa cuối cùng để mở ra bí ẩn của Kingdom Hearts." Sora chợt nhận ra rằng mọi thứ không hề đơn giản như anh từng nghĩ, và cuộc hành trình của anh cùng đồng đội sẽ phải đối mặt với những thử thách mà anh chưa từng ngờ đến.
