Trong một buổi tập trung chia lớp, không may, Souma đã bị gán vào lớp Black Soldier - nơi được biết đến với những học viên "bỏ đi". Ban đầu, cậu cảm thấy thất vọng vì bị phân loại không đúng như ý muốn, nhưng dần dần, sức hút của lớp này bắt đầu khiến cậu tò mò. Nhưng điều khiến Souma thực sự quyết định ở lại không phải chỉ vì sự hiếu kỳ, mà là khám phá của cậu về một bí mật lớn.
Trong lớp Black Soldier, cậu đã gặp Lyra - một học viên có khả năng đặc biệt như không ai khác. Lyra có thể đọc suy nghĩ của người khác, nhưng đến với Souma, bí mật của cô gái này không chỉ dừng lại ở đó. Trên thực tế, Lyra chính là người được chọn để giữ cho cả học viện không bị lộ ra một âm mưu đen tối đang được bày mưu từ bên trong.
Souma, với khả năng "Sửa và tìm lỗi" của mình, đã nhanh chóng nhận ra điều này và quyết định giữ kín bí mật của Lyra, giúp cô hoàn thành nhiệm vụ mà cô không thể hoàn thành một mình. Nhưng khi cả hai bắt đầu dấn thân vào một cuộc truy đuổi nguy hiểm, họ phát hiện ra rằng sự đe dọa không chỉ dừng lại ở việc lộ mật, mà còn ẩn chứa nhiều bí mật khác nằm sâu trong học viện. Hai học viên trẻ tuổi như Lyra và Souma sẽ phải đối mặt với những thử thách mà họ chưa bao giờ tưởng tượng.
