Trận chiến với Dr. Willy đã dần trở thành một ký ức xa xôi trong tâm trí của Rockman-san từ khi anh trở thành bác sĩ tại phòng mạch do bác sĩ Right chủ quản. Cuộc sống bình lặng của Rockman bỗng chốc bị xáo trộn khi một biến cố quái dị xảy ra.
Một đêm nọ, một cô gái lạ mặt xuất hiện trước phòng mạch, giữa tay cô là một viên viên đá ma thuật phát sáng lấp lánh. Cô khẩn cầu sự giúp đỡ của Rockman-san trong việc giải cứu thế giới khỏi sự đe dọa của một thế lực mới hung ác đang âm mưu thôn tính mọi thứ.
Rockman-san cảm thấy mình bị kéo vào một cuộc phiêu lưu mới, với những thử thách mà anh chưa từng gặp phải. Anh phải đối mặt với những kẻ thù không giống bất kỳ thứ gì mà anh đã gặp trước đây, đồng thời khám phá ra những bí ẩn về viên đá ma thuật và cô gái bí ẩn này.
Trước khi kết thúc, Rockman-san phải đối diện với một quyết định khó khăn: tiếp tục bảo vệ thế giới hay hy sinh bản thân để cứu lấy những người anh yêu thương? Sức mạnh, tình bạn, và trách nhiệm cùng nhau đan xen trong tâm trí anh khi anh đứng trước thử thách lớn nhất từ trước đến nay.
