Truyện tranh Shiganbana xoay quanh cuộc chiến giữa hai phe phái mạnh mẽ trong thế giới ngầm đầy nguy hiểm. Từ một bên là Thập Nhị Hoàng Tộc, những kẻ sở hữu sức mạnh siêu nhiên từ những bóng đêm sâu thẳm, và bên kia là Liên Minh Shinobi, những chiến binh tinh nhuệ với kỹ năng ninja vượt trội. Trên hành trình truy lùng "Hoa thời gian" - một vật phẩm huyền thoại có thể kiểm soát thời gian, cả hai phe đối đầu gay gắt để giành lấy quyền lực tối thượng.
Trong một trận đấu quyết định, Yoshida - một thành viên quan trọng của Liên Minh Shinobi, bất ngờ phản bội và đặt dấu chấm hết cho cuộc chiến. Sức mạnh của Yoshida không ngừng tăng lên, anh ta biến thành một thế lực khủng khiếp, không ngừng hủy diệt mọi thứ xung quanh. Dường như không ai có thể chống lại được Yoshida, cho đến khi một bí ẩn từ quá khứ được hé lộ.
Hóa ra Yoshida không phải là người thật sự, mà chỉ là một clone do Thập Nhị Hoàng Tộc tạo ra để gây rối cho Liên Minh Shinobi. Người thật sự đứng sau mọi sự kiện chính là Kurohana - một nhân vật vô cùng bí ẩn, sở hữu khả năng xuyên thời gian. Kurohana đã lợi dụng cuộc chiến giữa hai phe để tìm kiếm Hoa thời gian và thực hiện một âm mưu đen tối. Chỉ có bằng cách hợp tác, Liên Minh Shinobi mới có thể ngăn chặn âm mưu đen tối của Kurohana và bảo vệ thế giới khỏi sự hủy diệt.
